敦煌市棉花多年重茬种植，加之播种后低温高湿等因素的影响，造成棉花苗期病害逐年加重，尤其是炭疽病、立枯病、猝倒病、红腐病等苗期病害均有发生，且在同一块棉田混发严重，造成棉花死苗，形成缺苗断垄，给棉花生产带来了困难。控制棉花苗期病害，要认真做到预防为主，综合防治。 　　
　　1.合理轮作棉苗病的病原菌在土壤中病残体上越冬,土壤中积累了大量的病原菌。因此,要进行轮作,可以大量减少和消灭土壤内的病原菌,对控制立枯病和炭疽病有良好的作用。 　　
　　2.精细整地提倡每年秋收后深翻,通过晒垡冻垡，可以冻死部分病菌，以减少土壤表层的病菌危害.播种前要施足底肥,地要整平整细,以利出苗。 　　
　　3.精选良种选用充分成熟、健康饱满、发芽势强的种子,确保发芽,使棉苗健壮。 　　
　　4.播前晒种播前晒种可以打破棉种休眠，提高其生活力，并可利用阳光中的紫外线，杀死种子表面上所带的病菌。于播种前20天左右，选择晴天将棉种曝晒3～5天，晒种不宜在石板或水泥场上进行，以免烫伤棉种，影响发芽。也不宜太厚，一般10～13厘米即可，每天翻动3～5次，以保证晒匀晒透。 　　
　　5.药剂拌种是防治苗期病害的一项简单易行的有效措施。①拌种：选用50%多菌灵500克兑水2～3公斤或55%敌克松500克兑水，拌棉种100公斤。②棉种包衣：播种前用锦华种衣剂1公斤兑水0.5公斤可包衣种子50～60公斤或选用卫福悬浮种衣剂200毫升均匀搅拌包衣种子50公斤。 　　
　　6.适期播种早播，气温和土壤温度偏低，出苗慢有利于病菌侵入，迟播不利于棉苗正常生长。一般情况下，当平均气温稳定在10℃，膜下5厘米地温达12℃时，即可铺膜播种，播种深度以2～3厘米为宜。 　　
　　7.加强苗期管理出苗后和雨后及时中耕松土，破除板结提高地温，以利于根系发育，减少发病；间苗定苗时坚持去弱、去残、去病的原则，并将病苗带出田外消毁处理，防止病菌的扩展蔓延。 　　
　　8.药剂防治棉花苗齐后,遇低温多雨或寒流侵袭,苗期病害很可能流行发生,要及时喷药保护.可选择50%多菌灵800～1000倍液或50%退菌特800～1000倍液喷雾,每隔7～10天喷一次,连喷2～3次。