2008棉花年度，面对因国际金融危机影响棉花市场的复杂形势，农发行按照“区别对待，择优扶持”的原则，根据市场变化适时调整信贷政策，发挥了在棉花收购市场资金供应的主渠道作用，保证了棉花收购工作平稳进行。2008棉花年度，农发行共发放棉花收购贷款511.29亿元，支持企业收购皮棉8691万担，支持收购量占当年全国棉花总产量的58%。其中，农发行新疆分行共发放收购贷款304.53亿元，同比增加20.76亿元；支持企业收购皮棉4865万担，同比增加515万担；支持收购量占当年新疆地区棉花总产量的81%。
    收购开始之前，农发行及早部署收购准备工作，下发了《关于做好2008棉花年度收购信贷工作的意见》和《关于做好2008年度棉花收购贷款资格认定工作的通知》，要求各级行与国家棉花质检体制改革相结合，合理布局收购网点，严把贷款准入关，有计划、有步骤地完成2008棉花年度棉花企业贷款资格认定工作。同时，逐步完善贷款企业准入和退出机制，优化客户信贷结构。2008年度，农发行共认定收购贷款资格企业935家，其中民营企业占比84%，国有企业占比6%，供销社企业占比10%。
    收购期间，农发行综合分析市场走势和各方利益后，制定下发了《关于认真执行2008棉花年度收购贷款上线和贷款风险控制线的通知》，变“双限”为“双线”，确定2008棉花年度每担标准级皮棉收购贷款上线基准为500元/担，允许最高向上浮动50元/担，下浮不限，最高贷款额不得突破560元/担。同时，根据中国棉花价格指数扣除合理的费用和利润后，设定贷款风险控制线，于每周一在系统内网发布，有效控制了市场风险，稳定了市场价格。
    为更好地发挥大型重点棉花流通企业在棉花产业链中的主渠道作用，在充分调查研究、广泛征求意见的基础上，农发行下发了《关于加强对大型重点棉花流通企业信贷支持的指导意见》，明确了大型重点棉花流通企业的标准以及该行的信贷政策，要求各级行按照“一企一策”的原则确定拟支持的大型重点棉花流通企业资格，扶持和组织优势企业开展新棉收购，更好地解决棉农“卖难”的问题，促进棉花产业链的整合。