棉花是昌吉州农业农村经济的支柱产业。近年来，随着劳动力逐渐短缺、人工工资增加、种植成本不断上涨的困扰，向规模化、机械化、机采加工产业化发展已成为我州棉花产业的发展趋势。在州党委、政府的高度重视和大力支持下，州政府从2009年至今连续四年安排专项资金530万元为机采棉加工设备改造进行补贴，全州各棉花收购加工企业积极筹措资金1.24亿元，加快机采棉加工设备改造，并取得了一定的成效。截至目前，全州机采棉加工改造已达14家（玛纳斯4家、呼图壁6家、昌吉4家），其中投资到位成规模的为4家，其余8家由于资金原因是在原生产线上附加了清花、皮棉清理、烘干等设备而形成投资相对较少的部分改造。
      2012年我州种棉面积达167.53万亩，籽棉总产约66万吨（折合皮棉24.94万吨），其中机采种植模式93.3万亩，机采棉平均亩产365公斤，籽棉产量约34万吨。全州采棉机保有量为82台，实际机采、加工籽棉不到3万吨。造成机采棉加工在我州没有完全推开的原因：一是技改资金缺乏；二是加工出皮棉杂质较多（平均含杂2.5%，手摘棉加工后平均1.1%)；纤维长度低于手摘棉1―1.5毫米（27毫米居多）；加工出皮棉以四级为主（至少低手摘棉一个等级），三是纺织客户未能完全接受机采棉，当棉花市场疲软时，销售难于普采棉，机采皮棉售价普遍低于市场价1500元/吨左右。机采棉的采棉时间一般在9月下旬后，按今年单产采棉费采两遍180元/亩，约合0.5元/公斤，人工摘花费平均1.8元/公斤，每亩地节省474元，2012年我州棉花收均价7.93元/公斤，机采棉收购价6.3-6.5元/公斤（杂质13%、水分15%以内），机采棉每亩地又少卖558元，互相抵消减收80多元还不算多，另外机采棉的加工成本要高160元/吨。但有两个优势，一是机采籽棉基本无三丝；二是加工一致性比较好。
      目前，全州改造机采棉加工厂已达14个，按每个轧花厂籽棉加工能力1.6万吨左右计算，14个厂也就是22.5万吨左右。我州机采棉种植面积计划最终达到100万亩，并且实现机械采收，按现在投入一条机采生产线，在原厂区基础上也达1500万元（包括土建部分）。单独新建的机采生产线加工工艺成熟、轧花效率高、皮棉质量最终能接近手摘棉加工标准。因此，机采棉加工设备改造任重而道远。为此建议：一是要政府大幅度提高补助资金(建议每年补贴资金集中投一个厂）；二是要改变棉农传统种植观念，建议采取由当地政府协调，专业合作社运作；或由纺织厂、棉花企业、银行、种棉乡镇组成的股份制公司，从而形成一条完整的棉花产业链，这种股份制企业运作关键是轧花厂，能加工出达标皮棉，终端是纺织企业能接受的机采加工棉，邻近的新疆兵团团场，棉花从种植到轧出皮棉95%的流程实现了机械化。