经过多年的建设，我国初步形成了以中国农科院棉花研究所为基础、以国家棉花改良中心为核心的国家棉花科技创新基地。该基地的建成，使我国具备了世界一流的棉花科学研究的核心设施，为我国在这一领域的重大研究项目提供了必要的基础条件和技术支撑，并成为国内同类研究单位共享的技术平台。 　　
　　据了解，国家科技创新基地是在科技部和农业部的支持下，于1998年立项批准在河南安阳中国农科院棉花研究所开始建设的，先后总投资1.25亿元，新建建筑面积约23000平方米，新购仪器设备262台套，其中10万元以上大型仪器33台套，并新建一批田间工程设施。一期工程于2002年6月完成，二期建设于2005年完成并投入使用。基地根据我国棉花生产的需要，重点发展棉花转基因技术、分子标记辅助选择技术、航天育种技术等，为国内农业高等院校、农业科研机构、棉花生产单位等提供专业服务，同时，开展棉花科技人才培养，面向全国开放实验室、试验辅助设施和南繁基地，并组织国际合作。国家棉花科技创新基地既是棉花品种和材料的创新技术基地，又是种子质量监督检测的技术基地，同时也是转基因棉花环境安全评价的检测与监测基地，对保证我国棉花产业健康发展具有十分重要的作用。 　　
　　如以基地“棉花转基因技术平台”为纽带，采取双赢互利的发展模式，通过合同关系，与我国从事基础研究的8家上游基因构建单位开展全面合作，并将所获得转基因棉花种质新材料快速发放给我国从事应用研究的10余家棉花育种单位，以培育适宜不同棉区种植的国产转基因棉花新品种。从而实现了全国一盘棋、一体化的运作效果，在我国棉花界形成了“松散式的”、上中下游优势互补、强强联合的、具有国际竞争力的合作团队，一方面避免了低效率的简单重复，同时也加快了国产转基因棉花新品种的培育进程和产业化力度，全面提高了我国棉花综合开发的创新能力和棉花产业的国际竞争力。1998年以来，国产转基因抗虫棉已累计推广应用7000多万亩，平均每亩可增收节支约155元，共创造社会经济效益108亿元左右。目前，国产转基因棉花彻底打破了美国转基因抗虫棉的垄断地位。