一、病害
　　1、苗病种类和危害特点。棉苗从子叶期到1-2片真叶期最易感染各类病害。立枯病、炭疽病、红腐病等病害危害棉苗根部；而黑斑病、轮纹斑病、疫病、褐斑病等危害叶部；茎枯病危害幼茎及生长点。这些病害在多雨、阴湿、低温或冷暖气候剧烈反复时最易发生，且往往是混合并发，成灾较多。轻的引起僵苗、病苗，重的导致烂芽、烂根，叶枯茎腐，缺苗断垄，甚至成片死亡。
　　 2、防治方法。一是控制苗床水分和温度。营养钵棉棉苗出齐到子叶平展后，要在苗床两端揭膜通风降湿炼苗，并抢晴天晒床1到2天，晒到苗床表土发白、苗茎的三分之一发红，坚持晴天揭膜通风，降温散湿，到下午5点要盖膜保温，如果遇到低温寒潮，应该全天覆膜。二是加强田间管理。棉花移栽后要深中耕、勤中耕，以提高土温，降低土壤湿度，使土壤通气；阴雨天时，要开沟排渍，以利根系发育。对于出现的病苗、死苗应及时清除出田，集中处理，以减少田间病菌数量及传染机会。三是加强化学防治，以预防为主。齐苗后每隔10天喷一遍20%稻脚青600-800倍液或50%多菌灵500－800倍液，能很好地防治根病。喷施半量式波尔多液（1:1:200比例），能很好地防治各种叶病，防治叶病还可用或托布津800-1000倍液，或98%恶霉灵5000倍液喷施。
　　二、虫害
　　1、虫害种类和危害特点。从播种到现蕾前，危害种子和幼苗根部的有种蝇、金针虫、蛴螬等。咬断嫩茎和咬食叶片的有地老虎和蜗牛，刺吸汁液的有棉蚜、棉蓟马、盲蝽蟓和棉叶螨等。棉苗受这些虫危害后，导致棉苗植株矮小，叶片变小，失绿变红有斑点、有缺点、有的缺整片叶。地老虎能够咬断棉茎，造成棉花缺苗断垄；发生棉叶螨后，棉苗呈火烧状；发生棉蚜后，棉株形成“龙头”叶片卷缩，导致根系发育不良，生长停滞，并推迟现蕾。发生棉蓟马后，子叶期形成“公棉花”或“破头棉”，嫩棉叶受害叶背出现白色斑点或白带；发生盲蝽蟓，子叶期受害出现“破叶疯”，顶芽受害成多头棉，为害花蕾，造成花蕾脱落。
　　2、防治方法。防治地老虎等地下害虫，最好用棉子饼拌药，喂杀，每亩用90%敌百虫50克，加水1000毫升喷洒到2500克炒香的棉子饼里，于傍晚撒在棉苗旁边，每隔一定距离撒一小堆，第2天早晨到棉苗旁捡虫子；防治棉蚜可用50%抗蚜威可湿性粉剂每亩50-70克，1000-1200倍液喷施到棉叶及茎上；防治棉蓟马可用3.5%甲敌粉每亩2千克喷粉；防治棉叶螨可用73%克螨特1000-1500倍液喷施。盲蝽蟓用1500-2000的扑杀灵、盲蝽绝杀、蝽蟓一盖清或蝽净蚜无踪，喷治盲蝽蟓应在傍晚或早晨为好。
　　三、波尔多液的正确配制和使用
　　1、波尔多液的配制比例
　　波尔多液的配制比例有多种不同的方式，可分为等量式、半量式、过量式、倍量式，配制比例若为1：1：100（硫酸铜：生石灰：水）称为100倍等量式波尔多液。以硫酸铜为标准如1：1.5：200，为200倍石灰过量式波尔多液。对于幼嫩组织或对铜元素敏感的植物，可用浓度较低或石灰过量式配制；对石灰敏感的植物，则可采用石灰少量式的各种稀释倍数喷雾。棉花苗期病害一般采用半量式，即1：1：200。
　　2、波尔多液的配制方法
　　配制方法最好用80%的水用于溶解硫酸铜，用20%的水将生石灰化成浓的石灰乳，然后，把硫酸铜溶液慢慢地倒入石灰乳中，同时加水不断地搅拌，直到全部混合均匀为止，配合好的波尔多液为稳定的碱性胶体悬液，PH值为8-9。要求波尔多液应现配现用，时间放置长后会逐渐沉淀，颗粒变大，出现结晶而变质，影响药效。沉淀快慢可作为判断配制波尔多液质量的好坏。
　　3、波尔多液的杀菌原理
　　波尔多液具有很强的保护性杀菌能力，药效范围很广，成本低，比较经济实惠，预防病害效果好。其粘着力强，耐雨水冲刷，作用持久，一般可保持15～20天。波尔多液的有效成分主要是碱式硫酸铜，将其喷在植物上可形成一层药膜附于植物表面，药膜在植物及病菌的分泌物、有机酸及空气中的二氧化碳等综合作用下，波尔多液中铜盐溶解释放出铜离子，铜离子进入病菌体内致细胞原生质蛋白质凝固变性而杀死病菌，却不伤害植物。
　　4、适用范围及注意事项
　　适用于多种作物，可防治黑斑病、轮纹斑病、角斑病、霜霉病、疫病、叶斑病等多种茎叶病害，兼杀红蜘蛛。波尔多液是强碱性农药，不能与有机磷农药混用。使用后须间隔10～15天，才能使用矿物油乳剂和石硫合剂。选择晴天在上午11时前和下午4时后喷雾。